1.1 醫院病區與非病區污水應分流，嚴格醫院內部衛生安全管理體系，嚴格控制和分離醫院污水和污物，不得將醫院產生污物隨意棄置排入污水系統。新建、改建和擴建的醫院，在設計時應將可能受傳染病病原體污染的污水與其他污水分開，現有醫院應盡可能將受傳染病病原體污染的污水與其他污水分別收集。

1.2 傳染病醫院（含帶傳染病房綜合醫院）應設專用化糞池。被傳染病病原體污染的傳染性污染物，如含糞便等排泄物，必須按我國衛生防疫的有關規定進行嚴格消毒。消毒后的糞便等排泄物應單獨處置或排入專用化糞池，其上清液進入醫院污水處理系統。

不設化糞池的醫院應將經過消毒的排泄物按醫療廢物處理。

1.3 醫院的各種特殊排水，如含重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水等應單獨收集，分別采取不同的預處理措施后排入醫院污水處理系統。

1.4 同位素治療和診斷產生的放射性廢水，必須單獨收集處理。