氫氣雖無毒，在生理上對人體是惰性的，但若空氣中氫氣含量增高，將引起缺氧性窒息。與所有低溫液體一樣，直接接觸液氫將引起凍傷。液氫外溢并突然大面積蒸發還會造成環境缺氧，并有可能和空氣一起形成爆炸混合物，引發燃燒爆炸事故。與空氣混合能形成爆炸性混合物，遇熱或明火即會發生爆炸。氣體比空氣輕，在室內使用和儲存時，漏氣上升滯留屋頂不易排出，遇火星會引起爆炸。氫氣與氟、氯、溴等鹵素會劇烈反應。

氫氣因為是易燃壓縮氣體，故應儲存于陰涼、通風的倉間內。倉內溫度不宜超過30℃。遠離火種、熱源。防止陽光直射。應與氧氣、壓縮空氣、鹵素（氟氣、氯氣、溴）、氧化劑等分開存放。切忌混儲混運。儲存間內的照明、通風等設施應采用防爆型，開關設在倉外，配備相應品種和數量的消防器材。禁止使用易產生火花的機械設備工具。驗收時要注意品名，注意驗瓶日期，先進倉的先發用。搬運時輕裝輕卸，防止鋼瓶及附件破損。