北京三體系認證(ISO9001 質量管理體系、ISO14001 環境管理體系、ISO45001 職業健康安全管理體系)的審核流程通常包括前期準備、提交申請、文件評審、現場審核、不符合項整改、證書頒發與監督等環節，具體如下：
1. 前期準備：企業需建立文件化的管理體系并運行三個月以上，至少進行過一次內部審核與管理評審，且內審已覆蓋所有的場所和標準條款，同時準備好質量手冊及程序文件等相關資料。
2. 信息交流：選擇具有資質的認證機構，與認證機構相關人士進行溝通，確定實施認證的初步意向和可行性。
3. 提交認證申請：填寫《認證申請表》，認證機構進行評審，必要時會進行現場訪問，了解企業基本情況和管理體系的建立與實施情況。
4. 簽訂合同：評審通過后，與認證機構簽訂《認證服務合同》，認證機構將指定審核組長負責審核活動的開展與實施。
5. 文件評審(第一階段審核)：企業將正式發布的管理體系手冊、程序文件送交認證機構，由審核組長根據認證要求進行文件審查，并將審核結果書面告知企業。如有不符合處，企業應進行修改直至滿足要求。
6. 現場審核(第二階段審核)：審核組按照認證計劃安排現場審核，審核要求覆蓋申請認證全部范圍并符合對應的管理體系標準的全部要求，以抽樣審核的方式進行。審核組將開出不符合項，并要求企業實施糾正。現場審核結束后會給出書面審核報告，告知是否予以批準注冊。
7. 不符合項整改：企業針對審核組提出的不符合項，制定整改計劃并按要求實施，在規定時間內完成整改，并向認證機構提交整改驗證材料，證明問題已得到解決
。
8. 頒發證書：企業順利通過現場審核且完成所有不符合項的整改后，認證機構將頒發認證證書。通常證書有效期為三年。
9. 監督審核：在證書有效期內，認證機構會安排 2 次監督審核，第一次監督審核一般在 9-12 個月內進行，以后每一次不超過 12 個月。根據審核結果，認證機構將作出保持、擴大、縮小、暫停、注銷認證的決定。
10. 復評(換證審核)：認證證書有效期屆滿時，獲證方至少應提前 3 個月向認證機構提出復評申請，復評合格后，換發新證書，復評程序與認證程序一致。