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“營改增”后被掛靠方無法取得足額進行而負擔高額稅負發票
按照既有的掛靠業務模式，在營業稅時代，項目所需物料、服務均由被掛靠方自行采購，之后被掛靠方另外向掛靠方提供抬頭為掛靠方的發票，掛靠方將其作為成本入賬。在“營改增”后，項目所需物料、服務等所對應的發票均為增值稅發票，此時成本費用支付為實際掛靠方采購，對外進行付款，對應的發票按照稅法規定應向掛靠方開具，如掛靠方指示銷售者開具抬頭為被掛靠方的發票則存在被認定為虛開增值稅發票的稅務風險，同時被掛靠方取得的發票無法滿足增值稅“三流一致”的征管要求，被掛靠方即便取得了相關增值稅發票，也應被認定為未取得符合稅法規定的票據，對應進項應予轉出。在“營改增”后，被掛靠方無法再向先前那般向掛靠方提供發票。
因此，按傳統的掛靠經營模式，“營改增”后被掛靠方無法取得合規票據抵扣其增值稅進項及作為成本入賬，將面臨著高昂的增值稅及所得稅負擔；而實際支出成本的掛靠方空有進項稅額而未實際對外開具增值稅發票，取得銷項稅額，將生產大量留抵稅額，不得抵扣。
1、項目經理負責制下掛靠方將負擔高額個稅
在“營改增”前，采用項目經理承包制進行的掛靠常采用如下的運作模式：被掛靠方與掛靠方的負責人簽訂勞動合同，聘用其作為公司的員工并任命其為掛靠項目的項目經理，以固定的金額由負責人承包掛靠項目，負責項目的具體運作。假定被掛靠方就掛靠項目的收費為100萬元，掛靠費率為2%，此時掛靠方的責任人作為項目經理即以98萬元的價格承包該項目，對外采購物料，并在項目結束時向掛靠方提供98萬元的發票報銷領款。被掛靠方即通過發票以成本列支的方式獲取了實際利潤，作為被掛靠方員工的項目經理也無須繳納相應的個人所得稅。
“營改增”后，被掛靠方在未發生真實交易的情況下取得被掛靠方提供的增值稅發票將面臨較高的稅務風險，為合規操作，被掛靠方無法取得掛靠項目對外收入所對應的發票，同時，對于項目經理而言，其無法就承包項目提供足額的符合稅法規定的票據，若依然按照之前的模式向項目經理支付利潤，項目經理將承擔高額的個稅負擔。
2、對掛靠方與被掛靠方的會計核算體系的影響
掛靠在形式上是由被掛靠方向業主方提供服務取得收入，但實際上卻是掛靠方進行經營取得所得，因此，就存在著被掛靠方與掛靠方如何在在會計上對收入進行核算的問題。根據會計準則按業務的實際實質進行會計確認的原則，此時被掛靠方應僅能確認掛靠費收入，而掛靠方將實際業務所得確認為收入。
在“營改增”前，部分被掛靠方為增加自身收入，強行將掛靠項目的業務收入作為自身收入進行會計確認，并要求掛靠方向其提供收入對應的票據，作為成本入賬。掛靠方向被掛靠方提供票據后，自身無法提供成本支出相關的發票，因此多與稅務機關溝通，以企業財務核算不健全為由申請核定征收。
在“營改增”后，掛靠方與被掛靠方的收入均屬于增值稅的應稅范圍，由于增值稅對于發票管理的高要求，被掛靠方要求掛靠方提供發票將面臨巨大的稅務風險，同時，掛靠方若被核定征收，將失去開具增值稅專用發票及按一般計稅方法繳納增值稅的權利，因此，掛靠方將掛靠項目收入作為自身收入確認的會計核算方法將面臨著巨大的稅務風險，各方應及時調整收入的確認模式。
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